SentRNA preprint, and a thank you to the community

jadeshi · March 19, 2018, 11:49pm

Hey all,
Took me a while to find this forum, so this comes a bit late, but for all interested, the preprint for SentRNA, one of the techniques discussed at the Eterna100 summit, is out:
https://arxiv.org/abs/1803.03146?utm_source=feedburner&utm_medium=feed&utm_campaign=Feed%3A+…

I’d also like to take this opportunity to thank the EteRNA community for making this project possible, and also to several of you who have already given me some great feedback on the paper. It’s been a lot of fun working on this and I hope SentRNA can help inspire future directions and advances in RNA design!

Jade

Eli_Fisker · March 20, 2018, 5:44pm

I find this last sentence very promising:

“We posit that SentRNA, if trained on experimentally validated player solutions, could yield comparable, if not better, results since it learns in a purely data driven manner and can therefore potentially learn a much richer set of strategies from the data instead of relying on a limited set of hand-coded strategies.”

I very much look forward to your continuation. Best of luck!

cynwulf28 · March 26, 2018, 9:40pm

I have tried to access the link to print, but it isn’t opening up for me. Am I perhaps doing something wrong?

Omei · March 26, 2018, 10:30pm

Seems the whole site is unavailable right now. Presumably a temporary glitch.

cynwulf28 · March 27, 2018, 12:33am

Thank you

cynwulf28 · March 30, 2018, 1:57am

I gave the paper a cursory review, looks pretty good. I was curious though as to which puzzles exactly were used for this study. You mention the new progression, but that only accounts for part of the 724 puzzles used.

jadeshi · March 30, 2018, 2:59am

Here’s a full list of all 724 puzzles. Planning to include a list of this in the next revision in the SI:

1 “[Gene Synthesizer] Level 1 of 14” …(((((((((…((((((…))))))…)))))))))…
2 “[Gene Synthesizer] Level 2 of 14” ((((…))))
3 “[Gene Synthesizer] Level 3 of 14” ((.((((((…)))…))).)).
4 “[Gene Synthesizer] Level 4 of 14” ((…))
5 “[Gene Synthesizer] Level 5 of 14” (((…)))
6 “[Gene Synthesizer] Level 6 of 14” …((((((…(((…)))))))))…
7 “[Gene Synthesizer] Level 7 of 14” …(((((((((…))))(.((…)).))))))…
8 “[Gene Synthesizer] Level 8 of 14” (…).
9 “[Gene Synthesizer] Level 9 of 14” .(…)
10 “[Gene Synthesizer] Level 12 of 14” …(((…(((.(((…))).)))…((((…((((…)))).))))…)))…
11 “[Gene Synthesizer] Level 13 of 14” …((((((((…((…))…(((((…)))))))))))))
12 “[Gene Synthesizer] Level 14 of 14” .((((((((.(…).((((…)))).))))))))…
13 “[Thermocycler] Level 1 of 11” (((((((((((…)))))))))))…
14 “[Thermocycler] Level 2 of 11” …((((((.((…((((…)))).))…))))))…
15 “[Thermocycler] Level 3 of 11” .(((((((((((…)))))…)))))).
16 “[Thermocycler] Level 4 of 11” .(((((((((((…)))))…)))))).
17 “[Thermocycler] Level 5 of 11” …
18 “[Thermocycler] Level 6 of 11” ((((…((((…((((…((((.((((…))))…))))…))))…))))…))))
19 “[Thermocycler] Level 7 of 11” …((((((((…((((((…((((((…))))))…))))))…))))))))…
20 “[Thermocycler] Level 8 of 11” …((((((((…((((((…((((((…))))))…))))))…))))))))…
21 “[Thermocycler] Level 9 of 11” …
22 “[Thermocycler] Level 10 of 11” ((((…((…))…))))
23 “[Thermocycler] Level 11 of 11” …((((.(((…(((…)))…))).(((.((((.(((…))).(((…)))))))…))).))))…
24 “[Next-Generation Sequencer] Level 1 of 11” …((((((((((((…))))))))))))
25 “[Next-Generation Sequencer] Level 2 of 11” (((((…)))))
26 “[Next-Generation Sequencer] Level 3 of 11” .(((((((((((…)))))…)))))).
27 “[Next-Generation Sequencer] Level 5 of 11” .(((.((((((…))))))…((((((((…))))))))(((((…))))).)))
28 “[Next-Generation Sequencer] Level 6 of 11” …(.(…).)…
29 “[Next-Generation Sequencer] Level 7 of 11” ((…))
30 “[Next-Generation Sequencer] Level 8 of 11” …(((((((((((((…)))))(((((.(((((((((…)))))))))…)))))…))))))))…
31 “[Next-Generation Sequencer] Level 9 of 11” …(…((((…))))…)…
32 “[Next-Generation Sequencer] Level 10 of 11” .((((…)))).
33 “[Next-Generation Sequencer] Level 11 of 11” …((((…(((.((.((…)))))))))))
34 “[RNA Polymerase] Level 1 of 9” …(…(…(…)…)…)…
35 “[RNA Polymerase] Level 3 of 9” …((…((…))…))…
36 “[RNA Polymerase] Level 4 of 9” (…(…)…)
37 “[RNA Polymerase] Level 5 of 9” …((…))…
38 “[RNA Polymerase] Level 6 of 9” (…((…))…)
39 “[RNA Polymerase] Level 7 of 9” …(…(…)…)…
40 “[RNA Polymerase] Level 8 of 9” …(((((…)))))…((…))…((((…))))…((…))…
41 “[RNA Polymerase] Level 9 of 9” …(((((((((((((((((…))))))))((((.((((…)))).))))((((((((…)))))))))))))))))…
42 “[Microfluidic Chip] Level 1 of 7” …(((((((…(…)…))…)))))…
43 “[Microfluidic Chip] Level 2 of 7” ((((.(((…(((.(((…))).)))…(((.(((…))).)))…(((.(((…))).)))…(((.(((…))).)))…))).))))
44 “[Microfluidic Chip] Level 3 of 7” …(…(…)…)…
45 “[Microfluidic Chip] Level 4 of 7” ((((((…((((…(((…))).))))…((((…((((…))))))))…((((((…))).)))…))))))
46 “[Microfluidic Chip] Level 5 of 7” ((((.(((…(((…((.((…)).))…)))…))).((((…((((…)))).))))…))))
47 “[Microfluidic Chip] Level 6 of 7” …((.((…(((((.(((…)))(((…))))))…((((((…)))(((…))).)))))…)).))…
48 “[Microfluidic Chip] Level 7 of 7” …((((.(((…(((…)))…))).(((.((((.(((…))).(((…)))))))…))).))))…
49 “[Gene Synthesizer] Level 11 of 14” …(((((…)))))…(((((…)))))…
50 “[Gene Synthesizer] Level 10 of 14” .((((.(((…))).(((…))).)))).
51 “P4P6 Group 1 Intron” …((((((…(((…((…((((.((((((((.(((((((((…))))))))).(((((…))))).))))…))))))))…))…)))…)).))))((…((((…((((((((…))))))))…))))))…
52 “hHAR1” ((((((.(((((((…(((.((.((((…(((((.(((…))).))))).)))).)).))).((((((…((…))…)))))).)))))))…))))))…
53 “cHAR1” ((((((.((((((((…((.((((…(((.(((…))).)))…)))).))…((((((…))))))))))))))…))))))…
54 “P4P6 Scrambled” .((((…((((((((…))))…((((((.(((.(((((…(((((…)))))…((((((…))))…))…)))))…((((((…)))))).))).)))))).)))).))))…((((…))))…
55 “hHAR1 10mM MgCl2” ((((((.(((((((…(((.((.((((…(((((.(((…))).))))).)))).)).))).((((((…((…))…)))))).)))))))…))))))…
56 “Improve “Bulged Star NUPACK design 01” with “Direction of GC pairs +neck area” strategy” …((((.(((…(((.(((…))).)))…(((.(((…))).)))…(((.(((…))).)))…(((.(((…))).)))…))).))))…
57 “Improve “Bulged Star NUPACK design 01” with “Numbers of yellow nucleotides pr. length of string” strategy” …((((.(((…(((.(((…))).)))…(((.(((…))).)))…(((.(((…))).)))…(((.(((…))).)))…))).))))…
58 “Improve “Bulged Star NUPACK design 01” with “Repetition” strategy” …((((.(((…(((.(((…))).)))…(((.(((…))).)))…(((.(((…))).)))…(((.(((…))).)))…))).))))…
59 “Improve “Bulged Star NUPACK design 01” with “Simplified Berex Test” strategy” …((((.(((…(((.(((…))).)))…(((.(((…))).)))…(((.(((…))).)))…(((.(((…))).)))…))).))))…
60 “Improve “Bulged Star NUPACK design 02” with “Direction of GC pairs + neck area” strategy” …((((.(((…(((.(((…))).)))…(((.(((…))).)))…(((.(((…))).)))…(((.(((…))).)))…))).))))…
61 “Improve “Bulged Star NUPACK design 02” with “Numbers of yellow nucleotides pr. length of string” strategy” …((((.(((…(((.(((…))).)))…(((.(((…))).)))…(((.(((…))).)))…(((.(((…))).)))…))).))))…
62 “Improve “Bulged Star NUPACK design 02” with “Repetition” strategy” …((((.(((…(((.(((…))).)))…(((.(((…))).)))…(((.(((…))).)))…(((.(((…))).)))…))).))))…
63 “Improve “Bulged Star NUPACK design 02” with “Simplified Berex Test” strategy” …((((.(((…(((.(((…))).)))…(((.(((…))).)))…(((.(((…))).)))…(((.(((…))).)))…))).))))…
64 “Improve “The Branches NUPACK bot design 2” with “Direction of GC pairs + neck area” strategy” …(((((((…(((((.((((…)))).((((…)))).)))))…(((((.((((…)))).((((…)))).)))))…)))))))…
65 “Improve “The Branches NUPACK bot design 2” with “Numbers of yellow nucleotides pr. length of string” strategy” …(((((((…(((((.((((…)))).((((…)))).)))))…(((((.((((…)))).((((…)))).)))))…)))))))…
66 “Improve “The Branches NUPACK bot design 2” with “Repetition” strategy” …(((((((…(((((.((((…)))).((((…)))).)))))…(((((.((((…)))).((((…)))).)))))…)))))))…
67 “Improve “The Branches NUPACK bot design 2” with “Simplified Berex Test” strategy” …(((((((…(((((.((((…)))).((((…)))).)))))…(((((.((((…)))).((((…)))).)))))…)))))))…
68 “Improve “The Branches NUPACK bot design 8” with “Direction of GC pairs + neck area” strategy” …(((((((…(((((.((((…)))).((((…)))).)))))…(((((.((((…)))).((((…)))).)))))…)))))))…
69 “Improve “The Branches NUPACK bot design 8” with “Numbers of yellow nucleotides pr. length of string” strategy” …(((((((…(((((.((((…)))).((((…)))).)))))…(((((.((((…)))).((((…)))).)))))…)))))))…
70 “Improve “The Branches NUPACK bot design 8” with “Repetition” strategy” …(((((((…(((((.((((…)))).((((…)))).)))))…(((((.((((…)))).((((…)))).)))))…)))))))…
71 “Improve “The Branches NUPACK bot design 8” with “Simplified Berex Test” strategy” …(((((((…(((((.((((…)))).((((…)))).)))))…(((((.((((…)))).((((…)))).)))))…)))))))…
72 “Project : tttt” …
73 “Project : Example project” ((((((((((((((((((((…))))))))))))))))))))
74 “Project : Example project 2” …(((((((.((.(((…)))).))))))))…
75 “Project : 2-2 loop” ((((…((((.((((…)))).))))…))))
76 “Project : JerryP’s winning design without tetraloop boost” ((((…((((…((((…))))…))))…))))
77 “Project : 4-4 loop” ((((…((((…))))…))))
78 “Project : Isolated Closing Pairs 1” .((((.(((((…).)))).((((…)))).((((.(…).)))).)))).
79 “Project : Repetitive Structures” …(((…((((…((((…((((…(((…)))…))))…))))…))))…)))
80 “Project : Isolated Closing Pairs 2” .((((…((((…(…)…))))…((((…))))…)))).
81 “Project : Fractal RNA” …((((((…)))(((…)))(((…))))))…
82 “Project : Loop Heavy” .((…((…((…((.((…((…))…))…))…))…))…)).
83 “Project : Cytosine reduction” …((…((((.(((…))).))))…)).
84 “Project : Multiloop Isolated Closing Pairs” (((((…(…)…(((((…(((((…)))))…(…)…)))))…)))))
85 “Project : Hooked” ((((.((((.((((.((((.((((.(…).))))…))))…))))…))))…))))
86 “Project : Large Loop” (((((…((((…)))).(…(((((…)))))…)…)))))
87 “Project : Nupack’s Finger Revisited” ((((((((…((((((…((((((…))))))…))))))…))))))))
88 “Project : Plain Hooked” ((((.((((.((((.((((.((((…))))…))))…))))…))))…))))
89 “Project : Chesterfield’s-The Mousekateer” (((((…)))))…(((((…)))))
90 “Project : Hairpins: Triloop” .(((((…))))).
91 “Project : Hairpins: Tetraloop” .(((((…))))).
92 “Project : Hairpins: Pentaloop” .(((((…))))).
93 “Project : Hairpins: Hexaloop” .(((((…))))).
94 “Project : Hairpins: Heptaloop” .(((((…))))).
95 “Project : Tobramycin Aptamer” ((((((((((…)).))))))))
96 "Project : FMN-RNA aptamer complex lab " ((((…((((…((((…))))…))))…))))
97 “Project : Internal Loops: 6-3” .(((((…(((((…)))))…))))).
98 “Project : Internal Loops: 5-2” .(((((…(((((…)))))…))))).
99 “Project : Adenine Reduction” ((.(((…))).))…(((((.((.((((…)))))).)))))…
100 “Project : Alternative Mismatches” ((((.(((((…(((((…((((…))))…)))))…)))))…))))
101 “Project : Isolated Closing Pairs 3” .(((((…(…(((((…)))))…)…))))).
102 “Project : Large Isolated Hairpin” ((((((.(…).(((((…))))))))))).
103 “Project : Uracil Reduction” (.((((…((.(((…((…))…)))…))…)))).)…
104 “Project : Guanine Reduction” …(((…(((((((…)))).)))…)))…
105 “Project : Bulge test” .((((…((((…((((…((((((…)).)).))…)).))…)).))…)).)).
106 “Project : test” ((((…))))
107 “Project : All red and blue” ((…(.((…(…((.(…(…((…))…)…).))…)…)).)…))…
108 "Project : Reshiram …((((((((…((((…)))))))).((((.((((…))))…)))).))))…
109 “Project : S&E5 Modified” …(.((.(…(.(((((…))))).)…).).))…
110 “Project : Sharklike V-1 (SHAPE data Exp-1)” (((((((.(((((…)))))…(((((…)))))…)))))))
111 “Project : Sharklike V-2 (SHAPE data Exp-2)” .((((((.((((((…))))))…((((…))))…)))))).
112 “Project : 30 Nucleotide Loop 1 - Symmetric Internal Loop” .(((((((…(((((…)))))…))))))).
113 “Project : 30 Nucleotide Loop 2 - Asymmetric Internal Loop” .((((((…((((((…))))))…)))))).
114 “Project : Two bulges and a 1-2 loop (reverse)” …((((.(.(.((((…)))))…)))))…
115 “Project : 30 Nucleotide Loop 3 - Bulge Internal Loop” .((((((…((((((…)))))))))))).
116 “Project : Saccharomyces Cerevisiae Loop Structure” (((((((((…)))).((…))…((((…))))))))).
117 “Project : Half of The Branches” ((((((.((((…)))).((((…)))).))))))
118 “Project : Pseudoknot 1: Minimal” ((((…))))…
119 “Project : Pseudoknot 2: Biotin-Binding Pseudoknot” …((((((…))))))
120 “Project : Sample puzzle for lab” ((((.((((((((…))))…)))).((((…))))((((…)))).))))
121 “Project : Lab design for newer players” ((((.((((…)))).((((…)))).((((…(((…))).)))).))))
122 “Project : Two stacks” ((((((((((((…)))))))))))).((((((((((((…))))))))))))
123 “Project : comparison series: 1-1” (((((((.(((((…))))).)))))))
124 “Project : comparison series: 2-2” (((((((…(((((…)))))…)))))))
125 “Project : comparison series:” (((((((…(((((…)))))…)))))))
126 “Project : comparison series: 4-4” (((((((…(((((…)))))…)))))))
127 “Project : comparison series: 6-6” (((((((…(((((…)))))…)))))))
128 “Project : comparison series: 7-7” (((((((…(((((…)))))…)))))))
129 “Project : comparison series: 8-8” (((((((…(((((…)))))…)))))))
130 “Project : comparison series: 9-9” (((((((…(((((…)))))…)))))))
131 “Project : comparison series: 10-10” (((((((…(((((…)))))…)))))))
132 “Project : comparison series: 11-11” (((((((…(((((…)))))…)))))))
133 “Project : comparison series: 12-12” (((((((…(((((…)))))…)))))))
134 “Project : comparison series: 13-13” (((((((…(((((…)))))…)))))))
135 “Project : comparison series: 14-14” (((((((…(((((…)))))…)))))))
136 “Project : comparison series: 15-15” (((((((…(((((…)))))…)))))))
137 “Project : comparison series: 15-14” (((((((…(((((…)))))…)))))))
138 “Project : comparison series: 15-13” (((((((…(((((…)))))…)))))))
139 “Project : comparison series: 15-12” (((((((…(((((…)))))…)))))))
140 “Project : comparison series: 15-11” (((((((…(((((…)))))…)))))))
141 “Project : comparison series: 15-10” (((((((…(((((…)))))…)))))))
142 “Project : comparison series: 15-9” (((((((…(((((…)))))…)))))))
143 “Project : comparison series: 15-8” (((((((…(((((…)))))…)))))))
144 “Project : comparison series: 15-7” (((((((…(((((…)))))…)))))))
145 “Project : comparison series: 15-6” (((((((…(((((…)))))…)))))))
146 “Project : comparison series: 15-5” (((((((…(((((…)))))…)))))))
147 “Project : comparison series: 15-4” (((((((…(((((…)))))…)))))))
148 “Project : comparison series: 15-3” (((((((…(((((…)))))…)))))))
149 “Project : comparison series: 15-2” (((((((…(((((…)))))…)))))))
150 “Project : comparison series: 15-1” (((((((…(((((…))))).)))))))
151 “Project : comparison series: 14-15” (((((((…(((((…)))))…)))))))
152 “Project : comparison series: 13-15” (((((((…(((((…)))))…)))))))
153 “Project : comparison series: 12-15” (((((((…(((((…)))))…)))))))
154 “Project : comparison series: 11-15” (((((((…(((((…)))))…)))))))
155 “Project : comparison series: 10-15” (((((((…(((((…)))))…)))))))
156 “Project : comparison series: 9-15” (((((((…(((((…)))))…)))))))
157 “Project : comparison series: 8-15” (((((((…(((((…)))))…)))))))
158 “Project : comparison series: 7-15” (((((((…(((((…)))))…)))))))
159 “Project : comparison series: 6-15” (((((((…(((((…)))))…)))))))
160 “Project : comparison series: 5-15” (((((((…(((((…)))))…)))))))
161 “Project : comparison series: 4-15” (((((((…(((((…)))))…)))))))
162 “Project : comparison series: 3-15” (((((((…(((((…)))))…)))))))
163 “Project : comparison series: 2-15” (((((((…(((((…)))))…)))))))
164 “Project : comparison series: 1-15” (((((((.(((((…)))))…)))))))
165 “Project : chain lengh an loop size series 1-3” ((…(((((((…))))((((…))))((((…)))))))…))
166 “Project : chain length and loop size series 1-4” ((…((((((…))))((((…))))((((…))))))…))
167 “Project : chain length and loop size series 1-5” ((…((((((…))))((((…))))((((…))))))…))
168 “Project : chain length and loop size series 1-8” ((…(((((((…))))((((…))))((((…)))))))…))
169 “Project : chain lenth and loop size series 1-9” ((…((((((…))))((((…))))((((…))))))…))
170 “Project : Chain length and loop size series 1-10” ((…((((((…))))((((…))))((((…))))))…))
171 “Project : 3-4 and 1-2 loops” ((((((((…(((((((((((.((((…))))…)))))))))))…))))))))
172 "Project : Multiloop: 3 Branches .(((((…)))))(((((…)))))(((((…))))).
173 “Project : Multiloop: 3 Branches Unevenly Spaced (1)” .(((((…(((((…))))).(((((…)))))…))))).
174 “Project : Multiloop: 3 Branches Unevenly Spaced (2)” .(((((…(((((…)))))(((((…)))))…))))).
175 “Project : Multiloop: 4 Branches Separated by Single Unpaired Bases” .(((((.(((((…))))).(((((…))))).(((((…))))).))))).
176 "Project : comparison series: Triloop " (((((((.(((((…))))).)))))))
177 "Project : comparison series: Pentaloop " (((((((.(((((…))))).)))))))
178 "Project : comparison series: Hexaloop " (((((((.(((((…))))).)))))))
179 “Project : comparison series: Heptaloop” (((((((.(((((…))))).)))))))
180 “Project : comparison series: Octaloops” (((((((.(((((…))))).)))))))
181 “Project : Five Branch Multiloop” (((((((((…))))((((…))))((((…))))((((…))))))))).
182 “Project : Mat - comparison series: Hairpin loop with 9 nts- D1” (((((((.(((((…))))).)))))))
183 “Project : Mat - comparison series: Hairpin loop with 10 nts” (((((((.(((((…))))).)))))))
184 “Project : comparison series: Hairpin loop with 11 nts” (((((((.(((((…))))).)))))))
185 “Project : comparison series: Hairpin loop with 12 nts” (((((((.(((((…))))).)))))))
186 “Project : comparison series: Hairpin loop with 13 nts” (((((((.(((((…))))).)))))))
187 “Project : comparison series: Hairpin loop with 14 nts” (((((((.(((((…))))).)))))))
188 “Project : comparison series: Hairpin loop with 15 nts” (((((((.(((((…))))).)))))))
189 “Project : Mat - comparison series: 3-2 - D1” (((((((…(((((…)))))…)))))))
190 “Project : comparison series: 4-2” (((((((…(((((…)))))…)))))))
191 “Project : comparison series: 5-2” (((((((…(((((…)))))…)))))))
192 “Project : comparison series: 6-2” (((((((…(((((…)))))…)))))))
193 “Project : comparison series: 7-2” (((((((…(((((…)))))…)))))))
194 “Project : comparison series: 8-2” (((((((…(((((…)))))…)))))))
195 “Project : comparison series: 9-2” (((((((…(((((…)))))…)))))))
196 “Project : comparison series: 10-2” (((((((…(((((…)))))…)))))))
197 “Project : Fisker - 2-2 loop energy challenge” (((((((…((((((…((((((…))))))…))))))…)))))))
198 “Project : comparison series: 2-3” (((((((…(((((…)))))…)))))))
199 “Project : comparison series: 2-4” (((((((…(((((…)))))…)))))))
200 “Project : comparison series: 2-5” (((((((…(((((…)))))…)))))))
201 “Project : comparison series: 2-6” (((((((…(((((…)))))…)))))))
202 “Project : comparison series: 2-7” (((((((…(((((…)))))…)))))))
203 “Project : Crossroads test” …((((((…)))(((…))))))…
204 “Project : comparison series: 2-8” (((((((…(((((…)))))…)))))))
205 “Project : comparison series: 2-9” (((((((…(((((…)))))…)))))))
206 “Project : comparison series: 2-10” (((((((…(((((…)))))…)))))))
207 “Project : GU-pin shape test” …(((.(((((…))))).)))…(…)
208 “Project : Zigzag: 1-Nucleotide Bulge (1)” .((((.(((((…)))).))))).
209 “Project : Zigzag: 1-Nucleotide Bulge (2)” .(((((.((((…))))).)))).
210 “Project : Zigzag: 1-Nucleotide Bulge (3)” .((((.(.((((…))))))))).
211 “Project : Zigzag: 1-Nucleotide Bulge (4)” .(((((((((…)))).).)))).
212 “Project : Isolated Base Pairs: Adjacent 2-1-Loops (4)” .((((.(.((((…))))…)…)))).
213 “Project : Isolated Base Pairs: Adjacent 2-1 Loops (3)” .((((…(…((((…)))).).)))).
214 “Project : Isolated Base Pairs: Adjacent 2-1 Loops (2)” .((((…(.((((…))))…).)))).
215 “Project : Isolated Base Pairs: Adjacent 2-1 Loops (1)” .((((.(…((((…)))).)…)))).
216 “Project : Isolated Base Pairs: 2-2 Loops Adjacent to Multiloop” .(((((…(…((((…))))…)…(…((((…))))…)…))))).
217 “Project : 3 single nucleotide bulges” ((((((((((((.((((((((((((((…)))))))).))))))))))).)))))))
218 “Project : Bulge Sampler: 1-nt” .(((.((((((((…)))).)))).((((.((((…)))))))).))).
219 “Project : Bulge Sampler: 2-nt” .(((.((((((((…))))…)))).((((…((((…)))))))).))).
220 “Project : Bulge Sampler: 3-nt” .(((.((((((((…))))…)))).((((…((((…)))))))).))).
221 “Project : Bulge Sampler: 4-nt” .(((.((((((((…))))…)))).((((…((((…)))))))).))).
222 “Project : Neck Length 2 - 4 branch multiloop” …((.((((…)))).((((…)))).((((…)))).))…
223 “Project : Hard Lab Fragments: Water Strider Arm” .(((.(((…)))(((…)))))).
224 “Project : Hard Lab Fragments: Making it Up As I Go Multiloop” .((((.(((…))).(((…))))))).
225 “Project : Hard Lab Fragments: Kudzu Neck” .(((.(…(.(((…))).)…).))).
226 “Project : Hard Lab Fragments: Kudzu Arm” .((.((((.((…)))).)))).
227 “Project : Testing various loop designs” …(((…((((…)))))))…
228 “Project : Multiloop: Two Pairs of Adjacent Stacks” .(((((…((((…))))((((…))))…((((…))))))))).
229 “Project : Test of RNAfold (1)” .((((((…(((.((…))…)))((((…))))…))).)))…
230 “Project : Test of RNAfold (2)” .(((((…(((((…)))))((((…))))…)))))…
231 “Project : Test of RNAfold (3)” .((((…(((…)))…((((…(((((((…))).))))…)))))))).
232 “Project : Test of RNAfold (4)” .((((…(((…)))…((((…(((.((((…))))…)))…))))…)))).
233 “Project : Test of RNAfold (5)” .((((…((((…((((…))))))))…(((.(((…)))…)))…)))).
234 “Project : Thicker Zigzag” …((((.((((.((((…)))))).))))))…
235 “Project : Green Plimsole” …((((…))))…((((…))))…
236 “Project : 3-3 + 5*” (.(…(((((((…(…)…)))))))…)).
237 “Project : comparison series: ML-I 1-1-1” (((((((.(((((…))))).(((((…))))).)))))))
238 “Project : comparison series: ML-I 2-2-2” (((((((…(((((…)))))…(((((…)))))…)))))))
239 “Project : comparison series: ML-I 3-3-3” (((((((…(((((…)))))…(((((…)))))…)))))))
240 “Project : comparison series: ML-I 4-4-4” (((((((…(((((…)))))…(((((…)))))…)))))))
241 “Project : comparison series: ML-I 5-5-5” (((((((…(((((…)))))…(((((…)))))…)))))))
242 “Project : comparison series: ML-I 6-6-6” (((((((…(((((…)))))…(((((…)))))…)))))))
243 “Project : comparison series: ML-I 1-2-1” (((((((.(((((…)))))…(((((…))))).)))))))
244 “Project : comparison series: ML-I 1-3-1” (((((((.(((((…)))))…(((((…))))).)))))))
245 “Project : comparison series: ML-I 1-4-1” (((((((.(((((…)))))…(((((…))))).)))))))
246 “Project : comparison series: ML-I 1-5-1” (((((((.(((((…)))))…(((((…))))).)))))))
247 “Project : comparison series: ML-I 1-6-1” (((((((.(((((…)))))…(((((…))))).)))))))
248 “Project : comparison series: ML-I 1-7-1” (((((((.(((((…)))))…(((((…))))).)))))))
249 “Project : comparison series: ML-I 1-8-1” (((((((.(((((…)))))…(((((…))))).)))))))
250 “Project : comparison series: ML-I 1-9-1” (((((((.(((((…)))))…(((((…))))).)))))))
251 “Project : comparison series: ML-I 1-10-1” (((((((.(((((…)))))…(((((…))))).)))))))
252 “Project : comparison series: ML-I 2-10-2” (((((((…(((((…)))))…(((((…)))))…)))))))
253 “Project : comparison series: ML-I 3-10-3” (((((((…(((((…)))))…(((((…)))))…)))))))
254 “Project : comparison series: ML-I 4-10-4” (((((((…(((((…)))))…(((((…)))))…)))))))
255 “Project : comparison series: ML-I 5-8-5” (((((((…(((((…)))))…(((((…)))))…)))))))
256 “Project : comparison series: ML-I 7-4-7” (((((((…(((((…)))))…(((((…)))))…)))))))
257 “Project : comparison series: ML-I 8-2-8” (((((((…(((((…)))))…(((((…)))))…)))))))
258 “Project : comparison series: ML-I 2-1-2” (((((((…(((((…))))).(((((…)))))…)))))))
259 “Project : comparison series: ML-I 3-1-3” (((((((…(((((…))))).(((((…)))))…)))))))
260 “Project : comparison series: ML-I 4-1-4” (((((((…(((((…))))).(((((…)))))…)))))))
261 “Project : comparison series: ML-I 1-1-4” (((((((.(((((…))))).(((((…)))))…)))))))
262 “Project : comparison series: ML-I 2-1-3” (((((((…(((((…))))).(((((…)))))…)))))))
263 “Project : comparison series: ML-I 3-1-2” (((((((…(((((…))))).(((((…)))))…)))))))
264 “Project : comparison series: ML-I 4-1-1” (((((((…(((((…))))).(((((…))))).)))))))
265 “Project : comparison series: ML-I 6-2-2” (((((((…(((((…)))))…(((((…)))))…)))))))
266 “Project : comparison series: ML-I 8-3-3” (((((((…(((((…)))))…(((((…)))))…)))))))
267 “Project : comparison series: ML-I 10-4-4” (((((((…(((((…)))))…(((((…)))))…)))))))
268 “Project : comparison series: ML-I 4-4-10” (((((((…(((((…)))))…(((((…)))))…)))))))
269 “Project : comparison series: ML-I 3-3-8” (((((((…(((((…)))))…(((((…)))))…)))))))
270 “Project : comparison series: ML-I 2-2-6” (((((((…(((((…)))))…(((((…)))))…)))))))
271 “Project : comparison series: ML-I 1-1-10” (((((((.(((((…))))).(((((…)))))…)))))))
272 “Project : comparison series: ML-I 2-2-10” (((((((…(((((…)))))…(((((…)))))…)))))))
273 “Project : comparison series: ML-I 3-3-10” (((((((…(((((…)))))…(((((…)))))…)))))))
274 “Project : comparison series: ML-I 10-1-1” (((((((…(((((…))))).(((((…))))).)))))))
275 “Project : comparison series: ML-I 10-2-2” (((((((…(((((…)))))…(((((…)))))…)))))))
276 “Project : comparison series: ML-I 10-3-3” (((((((…(((((…)))))…(((((…)))))…)))))))
277 “Project : comparison series: ML-I 4-7-1” (((((((…(((((…)))))…(((((…))))).)))))))
278 “Project : comparison series: ML-I 1-7-4” (((((((.(((((…)))))…(((((…)))))…)))))))
279 “Project : Isolated Base Pairs: 1-1 Loop Adjacent to 1-nt Bulge (1)” .(((((.((((…)))).).)))).
280 “Project : Isolated Base Pairs: 1-1 Loop Adjacent to 1-nt Bulge (3)” .((((.(.((((…)))).))))).
281 “Project : Isolated Base Pairs: 1-1 Loop Adjacent to 1-nt Bulge (2)” .((((.(((((…)))).).)))).
282 “Project : Isolated Base Pairs: 1-1 Loop Between 1-nt Bulges (4)” .(((((.(.((((…))))).).)))).
283 “Project : Isolated Base Pairs: 1-1 Loop Between 1-nt Bulges (3)” .((((.(.(((((…)))).).))))).
284 “Project : Isolated Base Pairs: 1-1 Loop Between 1-nt Bulges (2)” .((((.(.(.((((…))))).))))).
285 “Project : Isolated Base Pairs: 1-1 Loop Between 1-nt Bulges (1)” .(((((.(((((…)))).).).)))).
286 “Project : Natural RNAs: Hop Stunt Viroid” …((((.(((…(.(.((…))…))…)))))))…
287 “Project : Natural RNAs: Barley Yellow Dwarf Virus 5’ UTR (3)” …(((.((((((((…))…))))))…)))…
288 “Project : Natural RNAs: Barley Yellow Dwarf Virus 5’ UTR (2)” .((((…((…))…)))).
289 “Project : Natural RNAs: Barley Yellow Dwarf Virus 5’ UTR (1)” …((((.(((…)))).)))…((((((…)))))).
290 “Project : Sock” .(((((((…))…))))).
291 “Project : comparison series: B 0-1” ((((((((((((…))))).)))))))
292 “Project : comparison series: B 0-2” ((((((((((((…)))))…)))))))
293 “Project : comparison series: B 0-3” ((((((((((((…)))))…)))))))
294 “Project : comparison series: B 0-4” ((((((((((((…)))))…)))))))
295 “Project : comparison series: B 0-5” ((((((((((((…)))))…)))))))
296 “Project : comparison series: B 1-0” (((((((.(((((…))))))))))))
297 “Project : comparison series: B 2-0” (((((((…(((((…))))))))))))
298 “Project : comparison series: B 3-0” (((((((…(((((…))))))))))))
299 “Project : comparison series: B 4-0” (((((((…(((((…))))))))))))
300 “Project : comparison series: B 5-0” (((((((…(((((…))))))))))))
301 “Project : jandersonlee’s LR15” .(((((((((((((((…))))))))))))))).
302 “Project : janderson’s LR12” .((((((((((((…)))))))))))).
303 “Project : LR8” .((((((((…)))))))).
304 "Project : Turtle project Ml 1-1-1-1. 2x4 NT L (((.((…)).((…)).((…)).((…)).)))
305 "Project : Turtle project Ml 1-1-1-1-1 (((.((…)).((…)).((…)).((…)).((…)).)))
306 "Project : Turtle project Ml 1-1-1 with 3 legs (2NT) (((.((…)).((…)).((…)).)))
307 "Project : Turtle project Ml 1-1 with 2 legs (2NT) (((.((…)).((…)).)))
308 "Project : Turtle project Ml 2-2-2 with 2 legs (2NT) (((…((…))…((…))…)))
309 "Project : Turtle project Ml 2-2-2-2 with 3 legs (2NT) (((…((…))…((…))…((…))…)))
310 "Project : Turtle project Ml 2-2-2-2-2 with 4 legs (2NT) (((…((…))…((…))…((…))…((…))…)))
311 "Project : Turtle project Ml 2-2-2-2-2-2 with 5 legs (2NT) (((…((…))…((…))…((…))…((…))…((…))…)))
312 "Project : Turtle project Ml 3-3-3 with 2 legs (2NT) (((…((…))…((…))…)))
313 "Project : Turtle project Ml 3-3-3-3 with 3 legs (2NT) (((…((…))…((…))…((…))…)))
314 "Project : Turtle project Ml 3-3-3-3-3 with 4 legs (2NT) (((…((…))…((…))…((…))…((…))…)))
315 "Project : Turtle project Ml 4-4-4 with 2 legs (2NT) (((…((…))…((…))…)))
316 "Project : Turtle project Ml 4-4-4-4 with 3 legs (2NT) (((…((…))…((…))…((…))…)))
317 "Project : Turtle project Ml 5-5-5 with 2 legs (2NT) (((…((…))…((…))…)))
318 "Project : Turtle project Ml 5-5-5-5 with 3 legs (2NT) (((…((…))…((…))…((…))…)))
319 "Project :

cynwulf28 · March 31, 2018, 2:48am

Thank you.